Chim cánh cụt Galápagos chủ yếu được tìm thấy tại Đảo Fernandina và bờ tây của đảo Isabela, nhưng có một số lượng nhỏ rải rác trên các đảo khác thuộc quần đảo Galápagos.

Trong khi 90% số chim cánh cụt Galápagos sống ở các đảo phía tây của Fernandina và Isabela, chúng cũng xuất hiện trên Santiago, Bartolomé, phía bắc Santa Cruz và Floreana. Cực bắc của đảo Isabela vắt ngang qua xích đạo, tức là một số chim cánh cụt Galápagos sống ở bán cầu phía bắc, chúng là loài chim cánh cụt duy nhất như thế.